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Depuis décembre 2005, c’est-à-dire quasiment depuis le début de mon pré-doc à l’ERIM, j’utilise au quotidien un wiki pour consigner et structurer mes différentes activités professionnelles.

Les débuts étaient un peu chaotiques, mais j’ai pris une bonne vitesse de croisière. Ainsi, je décris chaque jour en quelques lignes mon activité, qui constitue la trame de ma progression au quotidien, un peu à la manière d’un blog. Puis j’ai petit à petit créé une nébuleuse de pages, reliées les unes entre les autres pour faciliter la navigation, et structurées par grandes catégories (recherches bibliographiques, rédaction d’articles, réflexions sur les concepts en cours d’élaboration, etc.).

Cette manière de fonctionner a de multiples intérêts :

• Disposer d’un aide-mémoire complet, structuré, non linéaire (car interconnecté), et interrogeable à l’aide d’une fonction de recherche depuis n’importe où sur internet (voir en local après avoir fait une copie) ;
• Poser et structurer en un même endroit les tâches à faire, les réunions à venir, leurs comptes-rendus ;
• Permettre le travail collaboratif, notamment lors de la rédaction d’un article ;
• Faciliter grandement l’interaction entre le doctorant et le directeur de thèse. En effet, ce dernier peut suivre quotidiennement les avancées, et les réunions deviennent très efficaces, car on évite de faire le tour des choses déjà écrites.
• Rendre accessible (en utilisant un système de contrôle d’accès) une partie des données suivant le type de visiteur.

J’ai déjà eu l’occasion de présenter à plusieurs doctorants cet outil, et déjà deux d’entre eux ont adopté un système similaire pour structurer leurs travaux.

Lorsque j’ai démarré, j’avais choisi d’utiliser wikini, car c’était le moteur de wiki que je connaissais le mieux. Cependant après quelques années d’utilisation, alors que j’avais envie de lui ajouter de nouvelles fonctionnalités, j’ai constaté ce que je savais déjà : cet outil n’était plus développé activement. J’ai donc décidé de migré mon wiki de travail sur dokuwiki.

Après une recherche rapide sur internet, j’ai découvert avec amusement que Gulliver, le GULL rennais était en train de faire le même type de migration, et avait entrepris de réaliser un outil de migration. J’ai alors profité du fait qu’ils l’avaient placé sous licence libre pour l’adapter à mes besoins, puis j’ai envoyé au mainteneur mes contributions, qu’il a intégré (voir le dépôt de l’outil de migration ; encore merci aux gens de Gulliver qui ont travaillé sur ce script).

J’ai ensuite réalisé un thème adapté à mes envies, puis créé un petit module de grisement de texte.

Voici donc un lien vers mon wiki de thèse, qui deviendra certainement le wiki de mes travaux universitaires.

Cet après-midi, j’avais une réunion avec des gens de mon ancien laboratoire au CHU, ainsi qu’avec des représentants d’un laboratoire de physique clermontois. Nous étions en train de parler de stimulation profonde du cerveau lorsque j’ai remarqué quelque chose accroché à la poche de chemise d’un des participants physiciens. Une petite pince à linge en bois, avec une jolie coccinelle rouge et noire collée dessus.

Incroyable! Ce digne physicien, reconnu par ses pairs, et ayant de hautes responsabilités dans son laboratoire, serait-il membre du collectif PPALAUC? PPALAUC pour «Porteurs de pinces à linge avec une coccinelle» (voir le site web).

J’étais depuis un an employé par le CHRU comme ingénieur de recherche en imagerie médicale. L’expérience a été très enrichissante sur de nombreux points. Avec l’année 2006/2007, je quitte le monde des grands et reprend mes études…

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J’ai vécu cette semaine au boulot quelque chose de vraiment extraordinaire. Vous allez me dire, il est ingénieur de recherche en informatique, il doit pas vivre grand chose de palpitant, et un simple changement du disque dur de sa machine il doit déjà trouver ça impressionnant.

Et bien détrompez-vous, je pense avoir vraiment assisté à une journée mémorable. Tout a commencé à 8 heures. J’avais rendez-vous devant le bureau du professeur en neurochirurgie qui encadre mes travaux de recherche. Nous avons traversé le service de neurochirurgie, puis après avoir traversé une porte sécurisée par un digicode, nous avons passé des sur-chaussures…

Vous me voyez venir là?

Bon je continue. Nous avons de nouveau traversé une porte à digicode, qui nous a mené dans un vestiaire. Changement de vêtements pour des pyjamas désinfectés, passage d’un masque, d’une protection des cheveux, et de 2 nouvelles paires de sur-chaussures…

C’est bon, là, vous avez trouvé?

Ensuite, nous sommes entrés dans le bloc, il devait être 8h15. Nous n’en sommes ressortis qu’à 17 heures. J‘ai assisté à une opération de neurochirurgie (on dit neurochir’ quand on est in). C’est quelque chose de très impressionnant. Je travaille avec ce neurochirurgien au développement d’une application de visualisation de la surface corticale en 2 dimensions, calculée à partir d’IRMs. Pour l’instant, il n’utilise que les IRMs fonctionnels et anatomiques bruts pour préparer son intervention. la première partie de la matinée a donc consisté à recevoir les IRMs acquis un peu plus tôt de l’autre côté de Clermont. Ça a commencé avec un plantage de l’ordinateur de traitement et de visualisation des IRMs (un UNIX HP, impossible de se reloguer par manque de place sur le disque dur, appel au service après-vente du système clé en main pour un dépannage alors que la patiente arrivait). Premier indice d’une intervention qui allait cumuler les complications. Les informations fonctionnelles ont été acquises difficilement par le centre IRM, qui a dû les apporter sur poster au lieu d’envoyer les versions électroniques. La localisation de l’intervention a encore été compliquée.

En fin de matinée, la patiente endormie, le neurochirurgien a pu entamer la phase chirurgicale (attention âmes sensibles): découpe de la peau sur un côté de la tête, en traçant un U de 6 sur 6 centimètres environ, décollage de la peau. On voit alors la fine pellicule qui recouvre la peau. Celle-ci est découpée également, puis intervient l’une des phases les plus impressionnantes: perçage aux 4 coins avec une fraise de l’os du crâne, puis utilisation d’une scie électrique pour finir d’ôter le carré d’os (la fenêtre). La dure mère est alors apparue. Elle a rapidement été maintenue par quelques fils à l’os, afin d’éviter qu’elle ne s’enfonce.
L’étape suivante était plus compliquée: pause d’une grille d’électrodes sur la dure-mère, puis simulation des zones pour déterminer l’endroit où poser les électrodes. Les appareils de mesure font alors foison, tous plus ou moins complexes.

Une fois cette localisation effectuée, la pause des électrode se fait par couture sur la dure-mère. Puis l’os est remis en place, on comble les trous dûs au découpage par les débris d’os récoltés précieusement lors de la découpe. La peau est alors recousue succintement, et tout le champs opératoire est refait depuis le début: une seconde opération est entamée, pour placer la pile dans une poche sous la peau, au niveau de l’omoplate. Le câble reliant les électrodes à la pile passe alors sous la peau.
La dernière étape de l’opération est de recoudre proprement chacune des parties de la peau ouverte: le passage pour la pile, et la peau du crâne.

J’ai été fortement impressionné par tous les aspects anatomiques (se trouver à 2 mêtres d’un cerveau quasiment à nu est vraiment flippant), mais aussi par l’efficacité de l’équipe médicale, par le sang-froid et la précision du neurochirugien, et par le respect strict de la zone propre où seul le chirurgien et l’infirmière propre peuvent évoluer. J’ai vraiment crains de ne pas être à la hauteur, et de devoir sortir en cours d’opération. Mais finalement l’intérêt scientifique l’a emporté, et je ne le regrette vraiment pas. Je crois que je m’en rappelerais longtemps.