Je suis en ce moment en train de finaliser mes travaux de thèse, et plus précisément de mettre toute mon énergie dans la rédaction du manuscrit qui concluera trois années de recherche au LIMOS. Contrairement à beaucoup de doctorants, j’y prends pas mal de plaisir, car c’est l’occasion de raconter dans le détail ce qui m’a amusé scientifiquement pendant ces trois années.

Pour rédiger ce document, j’ai naturellement choisi d’utiliser le logiciel LaTeX, qui offre une énorme flexibilité, assure une bonne rigueur de présentation et permet de se concentrer pleinement sur le contenu. Et puisque c’est un document important à mes yeux, je fais des sauvegardes régulières sur plusieurs ordinateurs, utilisant notamment un système de gestion de versions afin de ne rien perdre de mes avancées. Cependant, il m’arrive de passer une journée entière sans faire aucune sauvegarde, pris dans l’élan de la rédaction, et profitant de la liberté géographique qu’offre l”utilisation d’un ordinateur portable.

C’est ainsi qu’au soir du 2 juin dernier, à la suite d’une maladresse informatique ridicule (un caractère « * » s’étant glissé dans une commande « rm »), j’ai perdu tout le travail de ma journée. Et on va être honnête, c’est très rageant. Après quelques instants de réflexion, j’ai décidé de tenter de récupérer ces données, qui devaient encore être inscrites sur le disque dur même si non visibles par le système.

J’ai donc immédiatement démonté la partition, pour éviter d’écraser les informations qui m’intéressaient, puis j’ai cherché un peu, et suis tombé sur un document qui correspondait exactement à mes besoins : HOWTO rescue deleted Linux files. L’idée est d’utiliser un script qui parcourt le disque dur comme un énorme fichier, et recherche à l’intérieur les extraits typiques des documents recherchés. Comme tous mes fichiers de travail commençaient par « \chapter », je n’ai eu qu’à modifier légèrement le script, puis à le lancer et attendre. Après quelques dizaines de minutes, une cinquantaine de fichiers avaient été retrouvés, et après vérification, correction et réajustement, j’ai pu tout retrouver ! Merci YakPeople !

Le mercredi 25 mars 2009 est sorti en librairie « 676 » de Yan Gérard. Ce mercredi, donc, je me suis précipité en librairie pour acquérir un exemplaire de ce roman. C’était la première fois que je poussais la porte d’un libraire le jour d’une sortie nationale, et je pensais naïvement que le roman serait déjà dans les rayons. La librairie que j’avais choisi ne fait pas partie d’une grande chaîne nationale, et on m’a répondu qu’il fallait attendre quelques jours. Ce n’est donc que vendredi soir que j’ai pu me jeter dans la lecture de « 676 ».

Vous allez me dire, pourquoi tant de précipitation, et pourquoi cet achat, alors que j’avais défendu ici il y a quelques temps ma préférence pour les bibliothèques publiques. La raison en est toute simple : l’auteur de ce thriller mathématique ne m’est pas inconnu, et depuis quelques années que je suis au LIMOS, nous avons eu l’occasion de nous rencontrer à de nombreuses reprises. Je ne pouvais pas attendre plus longtemps…

En quelques mots, ce roman est un thriller rythmé et passionnant, où les mathématiques sont au cœur de l’intrigue. On y découvre ainsi une partie de l’histoire des grandes énigmes mathématiques et des grands hommes qui les ont explorées, mais aussi toute une dimension ésotérique qui rend le roman d’autant plus trépidant. L’intrigue tient en haleine, et les passages historiques et scientifiques ne nuisent en rien à son rythme, au contraire. L’enquête mène le lecteur à travers plusieurs villes des États-Unis et d’Europe, on a du mal à lâcher le livre, les scènes s’enchaînent, nous faisant parfois oublier qu’il ne s’agit pas d’un film tant le style et la structure y font penser.

N’hésitez pas à visiter le site internet dédié au roman. Je vous invite vraiment à le lire, que vous soyez ou non attiré par les mathématiques, car si c’est un élément important du contexte, il n’est pas nécessaire de maîtriser cette science pour apprécier le roman.

• « 676 », de Yan Gérard, aux éditions Léo Scheer.

Depuis décembre 2005, c’est-à-dire quasiment depuis le début de mon pré-doc à l’ERIM, j’utilise au quotidien un wiki pour consigner et structurer mes différentes activités professionnelles.

Les débuts étaient un peu chaotiques, mais j’ai pris une bonne vitesse de croisière. Ainsi, je décris chaque jour en quelques lignes mon activité, qui constitue la trame de ma progression au quotidien, un peu à la manière d’un blog. Puis j’ai petit à petit créé une nébuleuse de pages, reliées les unes entre les autres pour faciliter la navigation, et structurées par grandes catégories (recherches bibliographiques, rédaction d’articles, réflexions sur les concepts en cours d’élaboration, etc.).

Cette manière de fonctionner a de multiples intérêts :

• Disposer d’un aide-mémoire complet, structuré, non linéaire (car interconnecté), et interrogeable à l’aide d’une fonction de recherche depuis n’importe où sur internet (voir en local après avoir fait une copie) ;
• Poser et structurer en un même endroit les tâches à faire, les réunions à venir, leurs comptes-rendus ;
• Permettre le travail collaboratif, notamment lors de la rédaction d’un article ;
• Faciliter grandement l’interaction entre le doctorant et le directeur de thèse. En effet, ce dernier peut suivre quotidiennement les avancées, et les réunions deviennent très efficaces, car on évite de faire le tour des choses déjà écrites.
• Rendre accessible (en utilisant un système de contrôle d’accès) une partie des données suivant le type de visiteur.

J’ai déjà eu l’occasion de présenter à plusieurs doctorants cet outil, et déjà deux d’entre eux ont adopté un système similaire pour structurer leurs travaux.

Lorsque j’ai démarré, j’avais choisi d’utiliser wikini, car c’était le moteur de wiki que je connaissais le mieux. Cependant après quelques années d’utilisation, alors que j’avais envie de lui ajouter de nouvelles fonctionnalités, j’ai constaté ce que je savais déjà : cet outil n’était plus développé activement. J’ai donc décidé de migré mon wiki de travail sur dokuwiki.

Après une recherche rapide sur internet, j’ai découvert avec amusement que Gulliver, le GULL rennais était en train de faire le même type de migration, et avait entrepris de réaliser un outil de migration. J’ai alors profité du fait qu’ils l’avaient placé sous licence libre pour l’adapter à mes besoins, puis j’ai envoyé au mainteneur mes contributions, qu’il a intégré (voir le dépôt de l’outil de migration ; encore merci aux gens de Gulliver qui ont travaillé sur ce script).

J’ai ensuite réalisé un thème adapté à mes envies, puis créé un petit module de grisement de texte.

Voici donc un lien vers mon wiki de thèse, qui deviendra certainement le wiki de mes travaux universitaires.

Au début de cette semaine, j’étais à EuroCG’09, une conférence en computational geometry, où je présentais deux articles (Low-resolution Surface Mapping: a Topological and Geometrical Approach et Cutting an Organic Surface) qui traitent du découpage de surfaces suivant des propriétés topologiques et géométriques. La conférence se déroulait à l’Université Libre de Bruxelles, en Belgique.

J’ai ainsi découvert pendant quelques jours cette ville cosmopolite, colorée et où les gens m’ont semblé très sympathiques. Pendant la conférence, j’ai eu l’occasion d’échanger avec de nombreux chercheurs et apprentis chercheurs, c’était réellement passionnant. C’était aussi l’occasion pour moi de poursuivre différentes discussions afin de déterminer le lieu de mon année de post-doc 2009/2010. Rien n’est encore fait, mais ça progresse…

« On » vient de trouver une méthode géniale pour empêcher à jamais les comportements illégaux. Aujourd’hui vient de commencer un débat à l’Assemblée Nationale pour imposer à chaque automobiliste d’équiper son véhicule d’un GPS. Ce dernier enverra à chaque instant un identifiant unique et une trace de sa position à une entreprise mandatée par l’État. Dès lors qu’une infraction sera commise, on utilisera ces informations pour déterminer qui est le coupable. La première mesure, automatique, sera de déclencher un mécanisme d’arrêt des automobiles identifiées par ce mécanisme dans un proche voisinage.

Chouette comme idée, non ? Bon, ça fera pas mal de faux positifs, on connaît même dès à présent des moyens techniques pour ne pas envoyer les bons identifiants, faisant ainsi passer Henri, ce voisin insupportable, pour l’auteur de notre éventuel méfait. Et la liberté individuelle dans tout ça ? Ah mais vous parlez de liberté, alors qu’on va pouvoir arrêter des milliers d’horribles criminels ? Soyez modernes, que diable, c’est pour le bien de tous !

Cette histoire n’est pas vraiment de la science-fiction. J’ai juste remplacé ordinateur et connexion internet par automobile, et substitué GPS à programme mouchard. Vous l’aurez compris, pour répondre au téléchargement illégal d’œuvres par internet, la solution proposée (et en passe d’être votée) consiste à imposer sur chaque ordinateur la présence d’un mouchard. En cas de détection d’un « piratage » depuis votre connexion, on bloquera votre connexion.

Cela pose dans la pratique de nombreux problèmes. D’une part, il n’est pas impossible de faire passer son ordinateur pour celui de quelqu’un d’autre. Plus simple, on peut pirater la connexion wifi disponible chez lui. Ainsi, celui qui sera suffisamment motivé pour contourner le fliquage fera porter à quelqu’un d’autre le chapeau. Ce dernier sera alors présumé coupable, et devra après une longue procédure judicière prouver son innocence avant de pouvoir retrouver sa connexion internet.

Belle avancée, non ! Quel beau pays que celui où nous vivons, ça fait chaud au cœur.

Pour plus d’information, je vous invite à consulter le site laquadrature.net.

Il semble que la nouvelle mode gouvernementale en terme de « relance économique » (comme on dit) soit à la subvention de tous les domaines qui contribuent massivement à la pollution. On savait déjà que le grenelle de l’environnement était une vaste fumisterie, on avait apprécié les subventions étatiques aux fabriquants de véhicules individuels. Pouvait-on faire difficilement plus illogique ?

Et bien oui, sans problème. La nouvelle politique agricole décidée cette semaine consiste à choisir les productions agricoles les plus coûteuses pour la planète — l’élevage — et à multiplier par deux ou trois leurs subventions, tout en réduisant celles destinées aux céréaliers par exemple. Chouette idée ! C’est vrai, les nappe phréatiques n’étaient pas assez polluées, la surconsommation d’eau n’était pas suffisante (100 000 litres d’eau pour produire un kilogramme de viande de vache), les surfaces cultivables réquisitionnées pour l’élevage et l’alimentation de ces animaux n’était pas assez importante.

Une petite pensée pour nos enfants, à qui on va laisser une chouette planète… Tiens d’ailleurs, si on relançait la politique de natalité, après tout, la croissance de la population n’est qu’exponentielle !

La coordination nationale des universités s’est réunie le 20 février pour continuer à structurer et à coordonner les efforts d’information et de lutte contre un ensemble de réformes destructrices. Le sujet est complexe, et l’on est encore une fois confronté à la langue de bois et aux contre-vérités du gouvernement de la nation. Pour exemple, une petite analyse en images du discours du 22 janvier, qui a crystalisé les réactions (désolé pour le format propriétaire, je n’ai pas trouvé un lien plus accessible) :

Si vous souhaitez survoler l’actualité sur la question, je viens d’ajouter à mon wiki de travail professionnel une page regroupant les dernières publications en ligne, et s’appuyant sur les flux RSS (la mise à jour est donc automatique) : actualités universités.

La pyramide des âges dans nos contrées est en train de s’inverser. Nos amis les gens du quatrième âge sont de plus en plus nombreux. Et on ne peut pas dire qu’avec l’âge, on gagne en vivacité. Aussi la population des gens à mobilité réduite va probablement voir sa croissance se poursuivre à un bon train.

Il va donc être de plus en plus fréquent d’assister à cette scène ô combien triste d’une de ces personnes à mobilité réduite, qui alors qu’elle n’est rendue qu’au premier tiers de sa traversée de la chaussée, se trouve soudain prise au dépourvu par un feu passant au rouge. Et immanquablement, les automobilistes des environs ne manqueront pas d’exprimer leur incontournable impatience doublée de mauvaise humeur en faisant ronfler leurs moteurs.

Pourtant, il existe de nombreuses solutions simples qui permettraient de réduire la fréquence de ces moments de stress. Au Brésil, j’avais vu un feu piéton équipé d’un compte à rebours avant le passage au rouge. On peut aussi imaginer des solutions sonores. Mais plus surprenant, quand j’étais enfant, il existait déjà une solution, et elle était utilisée partout ! Ne vous rappelez-vous pas que dans les années 80, les feux piétons verts étaient clignotants lorsque le passage au rouge est proche ? C’était super pratique, simple, efficace.

Voici donc la question à 2 centimes : pourquoi les feux piétons d’aujourd’hui ne disposent plus d’un tel mécanisme ?

Lentement, depuis plusieurs années, on rappelait aux personnels de l’Université que vraiment, ils n’étaient pas productifs, qu’une telle structure devait être gérée comme une entreprise, que la rentabilité est quelque chose d’essentiel, qu’ils ne sont qu’un gros tas de vieux dinosaures qui ne font rien que se la couler douce, que l’état de la recherche française est pathétique, etc.

Bien sûr, ce n’était pas aussi direct que ça, on faisait changer les choses à petit coups de lois et de réformes, pas à pas, doucement. À vrai dire, dans chacune de ces réformes, il y avait des choses intéressantes, qui laissaient présager que si c’était géré intelligemment, ça allait amener l’Université vers quelque chose de plus intéressant. Pour la masse des décisions insupportables et intolérables, on apprenait chaque fois à faire avec, en se disant : « on a échappé à quelque chose de terrible, contentons-nous de ça », un peu à la manière de ce texte de Martin Niemöller…

La dernière loi sur le sujet a été passée en douce à l’assemblée en plein été 2007, la fameuse loi LRU sur l’indépendance des Universités. Fini l’égalitarisme sur tout le territoire, finies la justice et la logique universitaire dans les recrutements des personnels. Place au cas par cas, à la rentabilité immédiate, ouvrons grand la porte aux industriels pour qu’ils guident les orientations de la recherche. Fini le contre-pouvoir, le creuset d’idées innovantes, de recherche à long terme, de solidarité. Mais voilà, « dans le monde actuel, mon petit monsieur, il n’est pas acceptable de payer des gens à réfléchir sur des trucs inutiles dans les 5 ans », surtout qu’ils embrigadent tous nos jeunes désœuvrés, ceux qui ne sont même pas capables d’aller en prépa, et de faire une école d’ingénieur, mon petit monsieur…

On a bien essayé d’en parler à tous, mais personne n’y prêtait réellement attention, comme d’habitude, chacun à l’Université espérait qu’individuellement il s’en sortirait.

Depuis cette date, les universités, suivant leurs couleurs politiques, ont doucement commencé à choisir l’autonomie de leur gestion. On a continué à annoncer en plus haut lieu que la recherche française était peu performante (sans rappeler des choses simples comme le manque d’engagement financier de l’état comparé aux exemples de pays cités comme exemples), on a annoncé la restructuration-démentellement des laboratoires nationaux comme le CNRS.

Et soudain, la déferlante d’annonces et de projets de décrets :

• modification du statut des enseignants-chercheurs, qui couplée aux décisions déjà prises depuis quelques années va entraîner un net recul de la qualité d’enseignement, tout en réduisant les possibilités réelles de recherche, en ajoutant un biais très contestable dans les mécanismes de recrutement et de promotion ;
• masterisation de la formation des professeurs des écoles et du collège-lycée, qui va entraîner une précarisation de ces derniers, une baisse de la qualité de leur formation, et globalement une déterioration du service public ;
• modification du statut de doctorant qui risque d’entraîner par sa brutalité une disparition des doctorants de matières non scientifiques, une précarisation accrue du statut (perte du contrat sur trois ans)…

L’Université va mal, les décisions récentes ont été prises unilatéralement en haut lieu. Aucune réflexion ne semble guider ça, si ce n’est la réduction des moyens financiers, et la libéralisation du fonctionnement d’un organisme qui était à la fois un service public et le garant d’un certain contre-pouvoir.

Et pour couronner le tout, le président de la République a prononcé le 22 janvier un discours adressé aux universités où il a été méprisant voire insultant envers l’ensemble des acteurs de la recherche nationale (on pourra consulter ces quelques liens qui donnent une idée du ressenti après ce discours).

Si nous ne réagissons pas, les principes même de l’Université vont disparaître dans les mois à venir, par des choix de gestion ne conservant que les pires idées des exemples anglo-saxons, et réduisant à néant l’espoir de voir en France une recherche fondamentale et indépendante, ainsi qu’un service public d’enseignement supérieur démocratique et de qualité.

De nombreuses universités sont donc en grêve illimitée depuis quelques jours, tentant d’informer à la fois la société et les étudiants sur l’avenir d’un organisme qu’on détruit. La coordination nationale des universités a donc voté le 2 février 2009 plusieurs motions, dont une manifestation nationale le 10 février 2009 pour tenter de raisonner les décisions inconscientes prises récemment.

Sauvons l’Université, la recherche, et l’enseignement de demain !

Dans un précédent billet, je vous parlais de ma tentative d’exploration des cycles de sommeil, sans instrumentation particulière, juste avec un crayon et un réveil (ou un appareil photo numérique, à la manière de David). J’ai mis un peu de temps avant de collecter suffisamment de données. J’en suis pour l’instant à 23 nuits de sommeil exploitables. J’ai donc commencé à écrire un script python d’exploration de statistiques horaires (sous licence GPL v3).

En premier lieu, il permet naturellement de visualiser le nombre d’heures de sommeil par jour :

Je me suis ensuite intéressé aux durées de sommeil sans réveil constaté, et se finissant sans réveil forcé. C’est là qu’on devrait normalement voir les différents cycles apparaître.

Le premier diagramme de répartition que j’ai généré en suivant cette méthode n’était pas très satisfaisant à mes yeux, assez illisible à vrai dire, il ne représentait pas ce que j’attendais :

Et puis j’ai repensé aux informations que j’avais collectées sur l’Internet avant de me lancer dans cette aventure. Notamment, les cycles de début de session de sommeil sont les plus profonds. Les cycles suivants sont moins marqués, et surtout on ne descend plus en sommeil profond. J’ai alors repris le diagramme suivant, mais en n’y représentant pour chaque session de sommeil que la première durée de sommeil sans réveil qui soit suffisamment longue. J’espérais ainsi n’extraire que les réels cycles, quitte a observer des durées doubles ou triples, si je ne m’étais pas réveillé entre deux cycles de début de session. Et bien il semble que ça marche un peu mieux :

Bon bien sûr, je n’ai pas encore assez de données, mais en lisant ce diagramme, on peut penser que mon cycle de sommeil est légèrement supérieur à 100 minutes (une barre ayant une largeur de 6 minutes sur ce diagramme). On repère un premier pic à environ 104 minutes (plus ou moins 3 minutes), et surtout le second vers 207 minutes (plus ou moins 3 minutes), qui lui est bien marqué. Un écho après 300 minutes viendrait confirmer cette durée.

J’avais l’intuition d’avoir un cycle de sommeil un peu plus long que les 90 minutes annoncées classiquement. Si les résultats que l’on commence à observer se confirment quand suffisamment de mesures auront été faites, alors je saurai que je ne me suis pas trompé.

Enfin, le deuxième diagramme de ce billet porte un pic assez élevé aux environs de 20 minutes, ce qui confirmerait que c’est une bonne durée de longueur de sieste… À suivre donc !

Edit : suite à la remarque de Joss dans les commentaires, je viens de modifier le script, qui permet maintenant de générer deux graphes supplémentaires, en ne tenant compte soit que des nuits avec réveil forcé final, soit des nuits sans réveil forcé final :

En lisant ces deux diagrammes, on a l’impression que le bruit dans les durées est causé par les nuits sans réveil programmé. Mais le jeu de données est bien trop faible pour en tirer une quelconque conclusion, je crains. 23 jours, c’est pas encore assez.